• Immunité : les probiotiques dans leurs majorités ont un effet positif sur notre système immunitaire grâce à leurs actions globales sur notre organisme et notamment nos intestins. Cependant, il semblerait que des souches spécifiques, à savoir Bifidobacterium breve, Lactobacillus casei, Lactobacillus rhamnosus ou encore Lactobacillus acidophilus, seraient capables de soutenir ou de moduler de façon directe l'immunité. Enfin, le Lactobacillus gasseri aura une action encore plus ciblée en stimulant une prolifération des lymphocytes T.
• Allergie : cette affection résulte d'un dysfonctionnement du système immunitaire. Il est alors logique que les probiotiques puissent jouer un rôle dans sa gestion. C'est le cas de Bifidobacterium breve qui régulerait le terrain allergique et du Lactobacillus acidophilus qui diminuerait cette fois les réactions allergiques. En outre, une méta-analyse italienne s'est penchée sur les souches de la famille des lactobacilles (Lactobacillus casei, Lactobacillus acidophilus et Lactobacillus salivarius) et leurs impacts positifs dans le traitement des symptômes de la rhinite allergique chez l'enfant.

• Hypertension : depuis une décennie, diverses études autour des probiotiques et leurs combinaisons montrent des résultats encourageants quant à leurs propriétés bénéfiques sur la pression artérielle. Plus récemment, une nouvelle méta-analyse a mis en relief l'intérêt spécifique de la famille des lactobacilles. Les résultats positifs sur la tension ont été obtenus après absorption de gélules de lactobacilles à hauteur de 5 milliards d'UFC par jour pendant seulement huit semaines.
• Cholestérol : des recherches cliniques sur des personnes ayant un taux élevé de cholestérol ont montré qu'après quelques semaines de prise de Lactobacillus reuteri, le cholestérol total, le LDL- cholestérol et d'autres indicateurs de risque cardiovasculaire ont diminué. Ces effets bénéfiques sont accompagnés du maintien du HDL - cholestérol (le "bon cholestérol") et de la vitamine D, essentielle pour la santé cardiovasculaire.
• Syndrome métabolique : ce syndrome se caractérise par différents facteurs de risque cardiovasculaires comme une hypertension, une circonférence abdominale élevée (résultant d'un surplus de graisse abdominale) une glycémie à jeun anormale ou une résistance à l'insuline ou une dyslipidémie. Or, si certains probiotiques permettent de réduire l'hypertension, d'autres études ont montré la capacité du Lactobacillus gasseri et Lactobacillus reuteri à réduire la quantité de graisse abdominale (donc le tour de taille) et de la graisse hépatique. Enfin, la complémentation en Lactobacillus rhamnosus a été associée à une diminution de la résistance à l'insuline, des lipides sanguins et hépatiques.

• Episode viral : face au virus, l'arsenal thérapeutique traditionnel est plus que réduit. Lorsqu'on se tourne vers des solutions naturelles, le recours au probiotique fait figure de réflex. Pour des besoins ciblés, on peut se tourner vers l'utilisation de Lactobacillus fermentum qui va réduire la fréquence des épisodes de rhinopharyngite et de bronchite hivernale, tandis que Lactobacillus reuteri baisserait d'environ 60% la fréquence des infections respiratoires et gastro-intestinales. Enfin, le Lactobacillus rhamnosus permettra de réduire la diarrhée chez l'enfant.
• Affections gynécologiques : souvent, les problèmes intimes se traduisent ou sont provoqués par une dysbiose de la flore génitale. Pour chaque pathologie, des souches de lactobacilles sont à privilégier par voie vaginale (ovule). Le Lactobacillus rhamnosus sera ainsi recommandé en cas de mycoses, le Lactobacillus gasseri en cas d'herpès vaginal ou encore de papillomavirus tandis que le Lactobacillus crispatus sera plus pertinent contre une vaginose bactérienne ou une candidose. Lors de la ménopause, ce dernier lactobacille est un allié de choix contre la sécheresse intime, l'atrophie de la muqueuse vaginale, mais aussi contre les cystites.
• Antibiotique : les probiotiques ne sont pas utiles que face aux microbes. La prise de probiotiques (Lactobacillus, Bifidobacterium et Saccharomyces) en même temps que des antibiotiques peut atténuer, voire prévenir, certains changements induits par l'antibiothérapie dans la composition du microbiome intestinal. Mais ce n'est pas tout, la prise concomitante de probiotiques peut améliorer l'efficacité des antibiotiques. C'est le cas notamment du Bifidobacterium lactis mais aussi du Bacillus subtilis dont une étude récente a mis en exergue son potentiel contre le staphylocoque doré.

• Transit : l'un des bénéfices premiers des probiotiques est d'agir sur l'équilibre intestinal. Si dans leurs globalités ces bonnes bactéries ont la capacité de réguler le transit, certains sortent leurs épingles du jeu. Ainsi, de nombreuses études ont confirmé l'efficacité du Bifidobacterium longum, mais aussi Bifidobacterium infantis 65624, dans la maîtrise des symptômes tels que douleurs ou désagréments intestinaux (ballonnements, selles fréquentes ou insuffisantes). De plus, d'autres souches semblent efficaces pour les soucis digestifs des plus jeunes. Ainsi, le  Lactobacillus fermentum, le Bifidobacterium breve et le Saccharomyces boulardii (la fameuse "Ultra-levure") ont montré des résultats encourageants dans la diminution de la sévérité et la durée des épisodes diarrhéiques chez l'enfant, mais aussi le nourrisson. 

• Assimilation des nutriments : si les probiotiques jouent leurs rôles dans la digestion, ils le font également dans l’absorption et la production de nutriments essentiels. Ainsi, la recherche a pu rattacher le Bifidobacterium breve à une meilleure synthèse des vitamines K et D, le Bifidobacterium longum, de son côté, participe à la fabrication des vitamines du groupe B et stimule l’absorption du calcium tout comme le Lactobacillus acidophilus. Enfin, Streptococcus thermophilus semble améliorer la biodisponibilité des nutriments en général.

• Maladie cœliaque et intolérance : la triple action des probiotiques qui regroupe la modulation du système immunitaire, la réduction de l’inflammation ainsi que le soutien de la digestion font d’eux des armes de choix pour atténuer les symptômes d’intolérance. Ainsi, dans le cas de la maladie cœliaque (aussi appelée intolérance au gluten) la souche Lactobacillus reuteri pourrait réduire l’inflammation intestinale selon une étude animale très prometteuse. En outre, une supplémentation en différents probiotiques – à savoir Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus bulgaricus, Lactobacillus rhamnosus, Streptococcus thermophilus – permettra de mieux digérer le lactose.
• MICI et syndrome de l’intestin irritable : pour pallier ces maladies inflammatoires de l’intestin, la recherche fonde un grand espoir sur les probiotiques. Dans le cas du syndrome de l’intestin irritable, les souches les plus fréquemment observées dans des études probantes sont Lactobacillus rhamnosus GG et Lactobacillus acidophilus NCFM. Ces souches ont démontré leur capacité à stimuler la production de cytokines anti-inflammatoires et à influencer l’expression des gènes des TLR, qui jouent un rôle centrale dans la communication entre les cellules immunitaires intestinales et le microbiote. De plus, le Lactobacillus rhamnosus GG et, cette fois, le Lactobacillus plantarum semblent aussi bien améliorer la symptomatologie du syndrome de l’intestin irritable que celle de la rectocolite hémorragique, avec une efficacité comparable à celle du traitement standard.

• Eczéma : il existe une communication constante entre les intestins et la peau. Un dérèglement du microbiote intestinal peut affaiblir la barrière cutanée et provoquer des troubles comme l’eczéma. Ainsi, selon les résultats d’études, une complémentation en Lactobacillus acidophilus pourrait limiter l’apparition d’eczéma en cas de côlon irritable, tandis que le Lactobacillus rhamnosus aurait fait ses preuves pour éviter l’apparition de cette même pathologie pendant la grossesse, mais aussi contre l’eczéma atopique du nourrisson.
• Cicatrisation : les probiotiques présentent également un potentiel dans la prévention des infections et la promotion de la guérison des plaies, notamment celles résultant de brûlure, d’ulcères diabétiques ou d’interventions chirurgicales telles que l’épisiotomie. Les souches bactériennes fréquemment étudiées incluent les bifidobactéries et les lactobacilles, tels que Lactobacillus reuteri, Lactobacillus plantarum, Lactobacillus fermentum, Lactobacillus delbruekii, Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus acidophilus et Lactobacillus casei. Elles peuvent être utilisées individuellement ou combinées avec d’autres souches telles que Antercoccus faecalis et Streptococcus salivarius.

Le terme « psychobiotiques » est souvent utilisé pour décrire le potentiel des probiotiques sur le bien- être psychique. Les scientifiques accordent une attention sérieuse à cette voie, mettant en lumière certaines souches qui se démarquent. Parmi elles, on retrouve :

• Bifidobacterium longum et breve, qui semble atténuer les symptômes de la dépression et de l’anxiété.
• Lactobacillus casei, associé à une augmentation des concentrations de tryptophane, de sérotonine et de dopamine, améliorerait l’humeur.
• Lactobacillus salivarius, renforcerait la connexion entre le cerveau et l’intestin via le nerf vague, entraînant une meilleure réponse au stress et réduisant l’anxiété, la fatigue chronique et la dépression.
• Lactobacillus plantarum aurait, quant à lui, montré des résultats très encourageants dans une petite étude, avec une amélioration significative de l’état de 11 patients souffrants de dépression sévère après seulement 8 semaines de complémentation.

•  Déclin cognitif : des études prometteuses montrent l’intérêt des probiotiques dans les maladies dégénératives telles que Parkinson (Bacillus subtilis) ou Alzheimer (Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus casei, Bifidobacterium bifidum, Lactobacillus fermentum). En outre, il serait, il serait possible d’agir contre le déclin cognitif mais aussi les troubles de la mémoire des personnes âgées de manière plus globale grâce aux effets bénéfiques de la prise de Lactobacillus plantarum.
• Santé osseuse : en favorisant l’absorption de calcium et de vitamine D, essentiels à une bonne santé osseuse, les probiotiques et plus particulièrement la souche Lactobacillus reuteri permettraient de diminuer de moitié la perte osseuse des femmes des femmes souffrant d’ostéoporose.

• Cancer du côlon : les individus atteints de cancer du côlon présentent fréquemment une carence en HDC, une enzyme qui facilite la conversion de l’histidine en histamine, un anti-inflammatoire naturel du corps. Afin d’explorer cette relation, des chercheurs ont conduits des expériences sur des souris confrontées à un contexte de cancer et d’inflammation, en administrant par voie orale un probiotique contenant une quantité significative d’HDC, le Lactobacillus reuteri. Les résultats se sont montrés intéressants. On attend encore des tests cliniques sur l’homme.
• Cancer gastrique : différentes études in vitro et animale ont montré l’intérêt des probiotiques de type lactobacilles aux effets bactériostatiques sur Helicobacter pylori parfois responsable de cancer de l’estomac. Parmi les souches probiotiques les plus efficaces en association : Lactobacillus acidophilus, Bifidobacterium animalis, Lactobacillus helveticus, Lactobacillus rhamnosus, Bifidobacterium longum, Enterococcus faecalis.
• Soutien aux traitements : on réalise aujourd’hui toute l’importance d’un microbiote équilibré non seulement dans la prévention du cancer, mais également sa capacité à répondre positivement aux traitements anticancéreux. Le rôle que peuvent jouer les probiotiques dans les protocoles de soins doit donc être plus exploré.

Enfin, la recherche se tourne aussi vers le mélange de différents probiotiques dans des complexes afin de maximiser leurs impacts sur certaines pathologies. Ainsi, la consommation de complexes de probiotiques est à l’étude pour accompagner un large panel de pathologies aussi bien psychiques (le trouble du spectre autistique, l’anorexie) ou physique (la constipation, les migraines) totalement différentes.