Les limites d'action de la Naturopathie sont essentiellement liées à l'insuffisance de l'énergie vitale du sujet (épuisement des ressources). En conséquence, le recours à la médecine allopathique s'imposera dans tous les cas de maladies lésionnelles ou dégénératives (cancers, leucémies, diabète insulinodépendant, cirrhoses, insuffisance rénale vraie...) ainsi que dans toutes les situations d'urgence ou de menace vitale.

Analysées d'un autre point de vue, les limites sont aussi fonction de la détermination active du patient, et de son investissement dans la mise en place de nouvelles règles d'hygiène de vie et de comportement. Un manque de coopération, viendrait mettre en échec toute tentative de thérapie naturopathique, et ce sans doute même avec le meilleur des praticiens.

Enfin, la Naturopathie pourra être mise en échec devant l'incompétence pédagogique du praticien. Alors soyez vigilant et ne mettez pas votre santé entre les mains de n'importe qui ! Car comme partout, il y a aussi beaucoup de Charlatans !!!!!!