Différents mécanismes commencent à être évoqués :

1. Un état de porosité anormale de la paroi intestinale, appelé hyperperméabilité intestinale. Cette porosité est microscopique. Elle ne se voit donc pas lors d'une coloscopie, mais son existence n'en est pas moins bien réelle. Cet état de porosité intestinale entraîne le passage de particules toxiques à travers la paroi digestive vers le sang :
• des toxines microbiennes, d'autant plus que la flore est pathologique (parasites, candida, … );
• des particules alimentaires mal digérées : en situation normale, seuls les nutriments sont absorbés au niveau de la paroi intestinale; en cas de porosité, des particules plus grosses passent dans le sang et provoqueront des réactions toxiques, inflammatoires et immunitaires. Parmi ces particules, il s'avère que les plus toxiques sont les protéines, en particulier de lait de vache et de blé, plus accessoirement d'œufs. Pour stopper ce mécanisme, nécessité de suivre un régime dit hypotoxique, et surtout de supprimer les causes de la perméabilité anormale de la paroi intestinale afin de la faire cicatriser. La modification de l'alimentation peut, à elle seule, s'avérer déjà très efficace sur l'évolution de la fibromyalgie : amélioration des symptômes, diminution du nombre de poussées et de leur intensité.
2. Mais une autre cause majeure devient de mieux en mieux identifiée : il s'agit des infections dites froides qui deviennent depuis quelques années un problème de santé publique majeure. Une infection froide se définit très simplement par la persistance dans l'organisme d'un agent infectieux sans la présence de fièvre, à l'inverse des formes aiguës. L'infection froide la plus fréquente a longtemps été la tuberculose, puis la brucellose et la syphilis. Ces maladies sont aujourd'hui largement supplantées par d'autres, dont les candidoses comme le Candida albicans très fréquemment en cause dans les tableaux fibromyalgiques. La personne fibromyalgique présente souvent une attirance anormale pour les aliments sucrés. Cette attirance est essentiellement due à la présence dans ses intestins de Candida albicans, qui appartiennent à la grande famille des moisissures, ou des levures. Celles-ci sécrètent de nombreuses toxines, dont l'une a pour effet d'aller stimuler la zone d'attirance pour le sucre située dans le cerveau. C'est logique, car ces champignons se nourrissent exclusivement de sucre, mais on comprend alors facilement le cercle vicieux qui en découle, et qui peut s'installer très rapidement. Il est facile d'associer les levures et le sucre en imaginant un pot de confiture laissé à température ambiante après ouverture : des moisissures apparaîtront à sa surface en quelques jours. Cette constatation est également l'occasion de dire que ces souches de candida existent à l'état naturel partout, y compris dans nos intestins; il ne faut donc pas viser à les éradiquer, mais à contrôler leur prolifération en diminuant notamment sa consommation de sucre.
3. Un troisième facteur semble jouer un rôle déterminant sur les terrains fibromyalgiques : ce sont les métaux toxiques, et en particulier l'aluminium. Ce métalloïde est connu depuis longtemps pour son rôle d'adjuvant de l'immunité, raison pour laquelle il est ajouté à la majorité des vaccins. Mais lorsque l'on sait que les ions aluminium sont omniprésents dans notre environnement, on peut s'interroger sur les conséquences que cela peut avoir sur notre immunité et des maladies comme la fibromyalgie. Pour ne citer que les principales sources d'aluminium : les ustensiles de cuisines (cocottes, barquettes, canettes, capsules, feuilles d'aluminium, … ), de nombreux additifs alimentaires (E173, E520, E521, E522, E523, E541, E554, E556, E559, E1482), l'eau du robinet, la plupart des vaccins et certains médicaments (dont le célèbre Maalox). Et de fait, certaines personnes ont effectivement pu avoir ce facteur déclenchant pour leurs douleurs de type fibromyalgique. Sans entrer ici dans les détails de la détection de ces métaux, il est utile de savoir que le silicium sous forme organique s'oppose à l'absorption de l'aluminium.
4. Enfin, on pourrait introduire un facteur émotionnel (composante psychologique des maladies) : l'explication psychosomatique de la maladie est celle d'une personne déçue par la vie. C'est une question que l'on doit prendre en compte au moment de traiter la partie émotionnelle avec de l'homéopathie ou des Fleurs de Bach, et ainsi chercher s'il y a eu un quelconque déclencheur. D'autre part, comme nous le verrons un peu plus loin, si le composant émotionnel pèse beaucoup et qu'il y a des symptômes de dépression, on pourra conseiller de prendre du millepertuis ou du tryptophane comme complément alimentaire. 

Du point de vue de la naturopathie, on retiendra donc principalement que la fibromyalgie résulte bien souvent d'un excès d'acidité dans les tissus du corps. Pour permettre l'évacuation de cette acidité, il convient donc, en premier lieu, de corriger le régime alimentaire, de réduire les sources de stress pour le corps et le mental (mise en place de mesure hygiéno-diététique) et ensuite d'optimiser le fonctionnement des organes éliminatoires, soit les intestins, les reins, la peau et les poumons. Sans oublier de traiter la partie psychologique, car les personnes souffrant de fibromyalgie montrent souvent une grande détresse psychique.