L'axe cerveau-intestin veille à la communication bidirectionnelle entre le système nerveux central et entérique, reliant les centres émotionnels et cognitifs du cerveau aux fonctions intestinales par des centaines de millions de neurones. La production de dopamine, sérotonine et d'acide gamma-aminobutyrique (GABA) s'effectue en grande partie par les intestins, où les neurotransmetteurs sont constitués en tant que métabolites des bactéries. Un microbiote sain est essentiel pour le bon fonctionnement des neurotransmetteurs. Il l'est de manière directe, puisque les bactéries produisent elles-mêmes les messagers chimiques, mais aussi indirecte, par son influence sur la corticosurrénale, le système immunitaire et la modulation des réponses inflammatoires. Les inflammations, les allergies, les infections parasitaires, les mycoses et la dysbiose ont un impact négatif sur la production et le transport de neurotransmetteurs, perturbant la neurocommunication dans le cerveau, avec des effets négatifs sur le bien-être.